育种科研创新是种企生存发展的前提和核心，公司从创办之日起，始终坚持把育种科研工作放在首位。经过近二十年的育种科研辛勤积累和努力发展，公司目前拥有较为雄厚的育种科研力量、种质资源积累和高效的科研运作机制。2012年，公司重新整合扩充了公司的育种科研力量和资源，在公司原有的育种科研机构（广东粤良种业有限公司水稻研究所）基础上重新注册成立了公司的商业化育种科研机构——广东粤良种业研究中心，进一步扩充发展了公司农作物新品种育种科研基地和品种资源筛选与亲本提纯繁育基地，基地目前的科研实验用地100多亩，配套了基本的育种科研实验设施设备，现有高级专业技术职称科研人员4人，中级专业技术职称5人，初级专业技术职称10人，并且与中国水稻所、广西农科院水稻所和广东省农科院等国内育种科研院所开展紧密的育种科研合作，构建起高效强大的育种科研体系。公司每年投入大量的人力财力（2013年公司开支研发费262.07万元,占营业总收入7%），而且逐年大幅增加，不断加快提升公司育种科研创新技术水平和效能。

公司先后自主选育出通过广东省技术鉴定的水稻不育系五个（粤良A、正丰A、永丰A、恒丰A 和众A），仅最近二年，公司就审定自主选育的杂交水稻新品种十二个（恒丰优298、恒丰优215、恒丰优387、恒丰优386、恒丰优666、恒丰优9802、恒丰优华占、永丰优华占、永丰优9802、永丰优93、银丰优9802、银丰优华占），其中恒丰优298和永丰优华占也通过了海南省品种审定；此外，公司目前已通过区试和生产试验，即将在2014年报审的杂交水稻新品种，广东省有五个（丰田优9802、恒丰优华占、博III优9802、银丰优666、美优9802），广西自治区有一个（永丰优9802）和海南省有二个（博III优9802、恒丰优3550）；目前正在参加国家区试杂交水稻新品种有四个（永丰优9802、恒丰优华占、德丰优9802和恒丰优666），分别进入广东、广西、海南、福建、江西和湖南区试复试阶段的杂交水稻新品种有14个（吉优华占、永丰优777、恒丰优华占、恒丰优386、恒丰优9802、吉优628、恒丰优387、恒丰优777、恒丰优666、德丰优9802、德丰优华占、特优666、恒丰优3550和众优华占）。

公司杂交水稻品种在华南地区已基本达到了感温、感光双管齐下，早、中、迟熟搭配齐全。特别优质高产抗病的永丰优感光系列新品种和恒丰优感温系列新品种，近二年已发展成为广东省的主推新品种。